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免抵退税的计税依据为出口货物离岸价，即FOB价。
原则上应以实际的出口货物离岸价为准，当出口报关单、收汇核销单、出口发票上的离岸价不一致，又无法确定实际的出口货物离岸价时，可以将出口发票上注明的离岸价视为实际的出口货物离岸价。
对于以其他价格条件成交的货物，在确定其出口销售额时应扣除运费、保险费、佣金等。
相关政策规定
出口货物离岸价（FOB）以出口发票上的离岸价为准（委托代理出口的，出口发票可以是委托方开具的或受托方开具的），若以其他价格条件成交的，应扣除按会计制度规定允许冲减出口销售收入的运费、保险费、佣金等。
若申报数与实际支付数有差额的，在下次申报退税时调整（或年终清算时一并调整）。
若出口发票不能如实反映离岸价，企业应按实际离岸价申报“免、抵、退”税，税务机关有权按照《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国增值税暂行条例》等有关规定予以核定。
